自身性免疫在正常情况下，动物的免疫系统只对自身以外的异物抗原发生反应，但由于某些原因对自身构成成分引起免疫反应。像脑实质、眼球、精子等的抗原那样，通常与免疫系统隔离的抗原，由于组织的炎症及其他原因而渗出组织外，或由于淋巴细胞向组织浸润而引起免疫反应。所以，这种情况的免疫反应对个体来说尽管是自身性免疫，但就免疫系统来说是同对异物抗原的免疫反应一样的。健康个体的体内，存在一定量和自身反应性T细胞，他们在维持免疫系统自稳状态中发挥作用。例如正常人血清中可检出抗独特型抗体，抗核抗体，抗线粒体抗体，类风湿因子等多种自身抗体。某些自身抗体可能具有重要的生理学功能。例如：抗独特型抗体具有免疫调节作用，RF是针对变性IgG的抗体，它可与多价IgG结合，从而有助于通过单核—吞噬细胞清除循环中免疫复合物。