我国食品的病毒污染以肝炎病毒的污染最为严重，有显著的流行病学意义。其中甲型肝炎、戊型肝炎被认为是通过肠道传播，即粪-口途径，其中相当一部分人是通过被污染的食品而感染。其他病毒污染食品造成食源性疾病的报道较为少见。20世纪40年代前，通过奶传播的小儿脊髓灰质炎病毒被认为是唯一的食源性感染病毒。近年来，甲型肝炎病毒、轮状病毒、诺如病毒引起的食源性疾病事件屡有报道，在世界各地病毒已成为一个引起食源性疾病的重致原因。有研究表明病毒性胃肠炎出现的频率仅次于普通感冒，居食源性病毒感染的第二位。任何农产品都可以作为病毒的传播工具，例如病毒性肝炎。由病毒引起的食源性疾病的诊断和控制及病原的分离鉴定等越来越受到重视。与细菌不同的是，病毒很难从污染食物中检测和分离，分离检测技术也研究不充分，因此确认食品是否受到病毒污染并引起食源性疾病还存在很大困难。