深海中缺乏阳光，静水压力大，形成黑暗、低温和高压的环境。由于不能进行光合作用，这里没有光合作用的植物，没有植食性动物，只有碎食性和肉食性动物、异养微生物和少量滤食性动物。目前人类发现两种完全独立的深海生态系统--海底火山生态系统和海底湖泊生态系统。海底火山美国的深潜器"阿尔文"号对加拉帕戈斯群岛附近等处海底热泉的调查，发现了新的海底火山热泉生态系统。其中以滤食性动物为主。在火山热泉喷出的海水中,富有硫化氢和硫酸盐类;硫化细菌十分繁茂，密度达106个/毫升。这些细菌以化学合成作用进行有机物的初级生产，为滤食性动物提供饵料，管蠕虫正是分解硫化氢制造养料。虾蟹有时会偷吃管蠕虫的触须。群落的动物有滤食有机物和细菌的双壳类(其中一种的贝壳长达30厘米)、铠甲虾，与细菌共生的巨型管栖动物(体长2米多),以及小蟹、管水母、某些腹足类和红色的鱼类等海底火山热泉生物。这里形成了一条脆弱的完全独立于外界的生态系统。海底湖泊在海底形成湖泊是件很不寻常的事。"湖泊"的形成是由于密度不均的海水分层所致。从沙滩下不断涌出高密度的甲烷气体。在湖泊周围的沙滩上仍然生活着管蠕虫，甲烷