片段分析（Fragment analysis，FA）是一种分子生物学技术，这里的片段特指以DNA或者cDNA为模板，由PCR过程所产生的，数目不等的核苷酸构成的大小不等的DNA片段，对这些片段，利用其大小或者标记荧光的差异，进行分析的方法。被广泛的应用于医学、环境、农业研究等领域的基因型分型、DNA指纹分析、突变检测等。从生物样本，如组织、血液、痰液中提取核酸（DNA、RNA），制备相应的模板、引物，进行多重PCR，然后采用凝胶电泳、PAGE电泳、HPLC、DHPLC、毛细管电泳等方法中的一种进行DNA片段分析，最后将获得的数据进行处理。