破囊壶菌(Thraustochytrids)于1936年首次被发现，当时分离到的为Thraustochytrium proliferum，被归类为卵菌纲(Oomycetes)、水霉目（Saprolegniales）。但是，破囊壶菌缺乏卵菌典型的鞭毛过渡区和细胞壁组成，超微结构接近于网粘菌破囊壶菌(Thraustochytrids)于1936年首次被发现，当时分离到的为Thraustochytrium proliferum，被归类为卵菌纲(Oomycetes)、水霉目（Saprolegniales）。但是，破囊壶菌缺乏卵菌典型的鞭毛过渡区和细胞壁组成，超微结构接近于网粘菌，而且，分子生物学的研究结果认为它更应该属于原生动物 ，现被列在管毛生物界(Stramenopila)、不等毛门(Het．erokonta)、网粘菌纲(L~byrinthulomycetes)、破囊壶菌目(Thraustochytriales)、破囊壶菌科(Thraustochytriaceae) 。