藻色素(phycochrome)仅存在于红藻和蓝藻中，主要包括藻红素(phycoerythrobilin)和藻蓝素(Phycocyanobilin)。藻红素呈红色，藻蓝素呈蓝色。藻色素类均溶于稀盐溶液中，都是色蛋白，即是由蛋白质和红色或蓝色的辅基（生色团）所组成的复合蛋白质。辅基和蛋白质结合得相当牢固，只有用强酸水解时，才能将它们分开。藻红素和藻蓝素的辅基，都是由4个吡咯环联成一串组成的。图为一种藻红素（或称藻红蛋白）和一种藻蓝素（或称藻蓝蛋白）生色团的结构式。每一个藻蓝蛋白或藻红蛋白分子中不只含有1种辅基，一个藻蓝蛋白分子中至少有8个辅基。