若干非等位基因只有同时存在时才出现某一性状，其中任何一个发生突变时都会导致同一突变型性状，这些基因称为互补基因。侧重于某一个性状，此性状只有在二个以上的非等位基因共存时才会表现出来，这种由于互相补充而使一个性状得以表现的非等位基因，称为互补基因。典型例子是W.Bateson、E.R.Saunders以及R.C.Punnett(1906)研究过的决定香豌豆花色的基因，使不同的二种白花品系杂交，结果F1花呈紫色，而F2中紫花与白花以9∶7的比例分离。这是因为二个互补基因(形成色素原体的基因和形成显色酶的基因)分别存在于一个白花亲本中的结果。 如果把豌豆冠的鸡跟玫瑰冠的鸡交配，子一代的鸡冠是胡桃冠。子一代个体间相互交配，得到子二代，它们的鸡冠有胡桃冠、豌豆冠、玫瑰冠和单冠，大体上接近9:3:3:1。假定控制玫瑰冠的基因是R，控制豌豆冠的基因是P，而且都是显性的，那末玫瑰冠的鸡没有显性豌豆冠基因，所以基因型是ppRR，与之相反，豌豆冠的鸡没有显性玫瑰冠基因，所以基因型是PPrr。前者产生的配子全部是pR，后者产生的配子全部是Pr，这两种配子相互结合，得到的子一代是PpRr，由于P与R的互补作用