为进一步整合我国在南极天文上的研究队伍，推动南极天文观测工作的开展，2006年12月25日，中国南极天文中心在紫金山天文台正式宣告成立。该中心是由中科院紫金山天文台、中科院南京天文光学技术研究所、国家海洋局中国极地研究中心、中科院国家天文台发起和共建的研究机构。之后,中科院上海天文台、中科院高能物理研究所,南京大学、中国科学技术大学、天津师范大学、中科院云南天文台等单位陆续加盟。南极天文中心成为保障我国南极天文领域的权益，推进我国南极天文学研究和国际合作与交流的平台。2010年8月，中国科学院基础科学局正式批复南极天文中心(筹)为院非法人研究单元，使之成为推动我国南极天文大科学工程的核心组织力