致病微生物溯源（source-tracing of pathogen），工学-食品科学与工程-食品安全-食源性疾病-食品安全预警，通过微生物表型、免疫学、分子生物学及基因组学等分析手段，检测相近微生物株间可靠变异并确立样本间相互关系，追溯致病微生物的传播途径和源头，以期对致病微生物所致传染病疫情的防控提供科学指导。致病微生物溯源的依据是不同微生物在生物学特性、生物化学特性、抗原性、蛋白组和核酸序列之间的差异。根据针对的靶标不同，致病微生物溯源技术可分为两类：基于分离培养的常规溯源技术和基于核酸序列的分子生物学溯源技术。常规溯源技术在实验室对病原体进行分离培养，并对其特性（如微生物形态、宿主免疫反应、生化反应等）进行进一步检测，以此判断样本种类；再根据与数据库中存储的已知多态性信息进行比对，从而推测菌毒株来源。此类方法在长期实践中发挥了重要作用，但操作上存在很大的局限性。如分离培养费时、费力；对某些未知微生物不敏感等。随着分子生物学技术的发展，尤其是全基因组测序技术和相应数据挖掘技术的普及应用，微生物遗传序列（DNA或RNA）被越来越多地应用于鉴定溯源实践中。