水生外来种入侵（alien species invasion in waters），理学-生态学-水域生态学-淡水生态学-水体生态灾害-水生外来种入侵，发生在淡水生态系统中的，某些物种从自然分布区通过有意或无意的人类活动而被引入当地，并造成明显损害或影响的过程和现象。水生生物外来种主要包括水生植物、水生无脊椎动物、鱼类、两栖和爬行类、水生哺乳动物和水生病菌。相对于其他生态系统，淡水生态系统更容易遭受入侵。一方面，在淡水生态系统中通常是一个包含多个物种和大量个体的相对完整的群落通过压舱水、活水舱以及公园和水族箱的水生生物引种等途径从原产地进入到新的区域；另一方面，外来生物一旦进入到一个新的淡水生态系统，通过连通的水系将会比陆地生态系统扩散得更快。