复层扁平上皮的细胞层次最多，仅表层的细胞为扁平状，故称复层扁平上皮。位于最深层的基底细胞为矮柱状或立方形，基底细胞为一层具有增殖分化能力的干细胞，可通过有丝分裂增生新的细胞，不断补充表层脱落的细胞。位于中间的数层细胞为多角形，细胞具有棘状胞质小突，与邻近细胞的小突通过桥粒彼此接合，构成细胞间桥，从中间细胞层移向表层，细胞形状由多边形逐渐变为扁平状。复层扁平上皮主要分布于皮肤、口腔、食管和阴道等处。此上皮较厚、耐摩擦，具有机械性的保护作用。分布在皮肤表皮的复层扁平上皮，浅层细胞的细胞核消失，胞质内充满角蛋白（即角化），细胞干硬，对摩擦和损伤的耐受力很强；分布在口腔、食管、阴道粘膜的复层扁平上皮，其表层细胞不角化，有核，胞质中角蛋白较少。复层扁平上皮具有很强的再生修复能力。