柽柳科是一个古老植物科,在中国荒漠植被中地位显著,其中柽柳属的综合利用价值较高。选取生长习性、植物形态、解剖结构、花粉特征以及种子微形态特征等共66个性状,采用简约法对国产柽柳属16种植物及外类群红砂Hololachne songarica进行分支分析,并用靴带检验法(Bootstrap)计算内部分支的支持率。分支图表明,国产柽柳属植物分为4个分支,分别属于Baum(1978)所划分的组Ⅰ及组Ⅱ中不同的系,从一个侧面说明基于经典分类所划分的组是比较自然的,同意Baum的属下分类系统。同时,基于分支分类结果并结合分子证据,对国产柽柳属属间亲缘关系及有争议种的分类学地位进行了探讨,认为甘蒙柽柳是独立于中国柽柳的种,多花柽柳是独立于多枝柽柳的种,盐地柽柳是刚毛柽柳的变种,而叶抱茎呈鞘状的沙生柽柳和莎车柽柳系统学关系很近,是较为原始的一类柽柳。