为进一步钻研发展内镜微创治疗新技术，内镜中心加大科研力度，近年来共获得课题资助项目12项，2011年发表论文50余篇，其中SCI收录10篇，出版专著2本。为进一步推广内镜微创治疗新技术，先后组织召开四次国际大会，举办内镜治疗学习班18次，对口支援包括新疆、云南等7省市的内镜室工作，为全国各地乃至美国、俄罗斯、越南、新加坡、港澳台地区培养进修医生近500人次，为推动内镜微创治疗起到积极作用。内镜中心于2007年成为首批卫生部内镜诊疗技术培训基地之一，2008年成立了复旦大学内镜诊疗研究所，此次成为上海市消化内镜工程技术研究中心，标志着内镜中心的技术水平已达到国内乃至国际先进水平。