酵母三杂交系统(three-bindinghybridsystem)用于分析蛋白和RNA间的相互作用。Senguptaxi等首先报道了应用三杂交系统分析金属调节蛋白(ironregulatoryprotein-1,IRP1)与金属反应元件(ironresponseelement,IRE)RNA序列,以及HIV转录激活蛋白(trans-activatorprotein,Tat)与HIV转录激活反应元件(HIVtrans-activationresponseelement,TAR)RNA序列间的作用。酵母三杂交系统三杂交系统的基本原理是将一个已知的RNA结合蛋白与转录因子的DNA结合domain(