RNA结构理论预测

RNA结构理论预测（theoretical prediction for RNA structures），理学-物理学-〔物理学与其他学科的交叉〕-分子生物物理学，通过计算的方法对非编码RNA的二级结构和三级结构进行预测。由于通过实验手段（主要包括X射线晶体衍射和核磁共振）测定RNA结构相当困难，且成本较高，导致结构数据库中RNA数量相对于蛋白质非常少。因此，从理论计算的角度开发预测RNA结构的方法具有现实的重要性。同时这类方法预测质量的好坏，也是检测对RNA折叠的物理化学过程理解程度的试金石。RNA的折叠过程一般是层级式的，二级结构中的螺旋部分首先形成，然后在共轴螺旋堆积，以及三级接触相互作用下形成紧凑的三级结构。由于碱基堆积和碱基配对相互作用非常强，RNA的二级结构通常非常稳定，因此一般认为RNA折叠过程中二级结构折叠和三级结构折叠的耦合不是很强。与蛋白质结构预测一样，RNA结构预测也分为二级结构预测和三级结构预测。RNA二级结构预测方法发展的比较早，也比较成熟。二级结构预测方法可粗略地分为支持赝结的方法和不支持赝结的方法。