微生物基因水平转移（microbial horizontal gene transfer），理学-生态学-微生物生态学-微生物生态进化-微生物基因水平转移，在遗传信息有差异的微生物个体之间发生的基因交流和转移。这种转移区别于从亲代个体到子代个体间通过繁殖而产生的基因垂直转移。在自然界中观察到的微生物基因水平转移主要发生在细菌和细菌之间，也有发现细菌和古菌之间、真菌和植物之间等的基因水平转移。理论上，基因水平转移可以发生在任何生物个体之间。1959年，发表在《自然》和《美国科学院院刊》杂志的相关文章报道了不同种微生物之间的基因水平转移。研究人员发现高频转导态（HFR）的大肠杆菌和鼠伤寒沙门氏菌的一个突变菌株可以进行遗传信息的重组。同年，日本科学家秋叶朝一郎[注]和医生落合国太郎[注]发现致病菌志贺氏杆菌中存在的抗性质粒是从大肠杆菌中通过转导过程获得，开启了人类对微生物基因水平转移认知的大门。微生物基因水平转移可以通过转化、转导、接合、溶原性转换、转座等方式实现。微生物基因水平转移在自然环境和实验室条件下都能发生。