XLIM－49A 奈基－宙斯B是一种全新的导弹，其只有制导方式和第一级发动机与奈基－宙斯A相同。由于该导弹主要目的是拦截太空中的目标，所以该导弹不需要大的控制面，其第三级布置了小型喷嘴以利于空间作战时的控制，导弹采用了W－50型热核战斗部（爆炸威力为40万吨梯恩梯当量）。奈基－宙斯B的首次三级飞行测试于1961年9月进行。在1962年7月，一枚奈基－宙斯B型导弹成功拦截了一枚阿特拉斯洲际弹道导弹。到1963年末，该导弹成功的拦截了十多个再入载具。美国官方为奈基－宙斯B分配了XLIM－49A的序列号。在20世纪50年代末，美国陆军开始发展XLIM－90A奈基－宙斯B大气层外反弹道导弹武器，虽然该导弹无疑可以在尽可能高的高度拦截洲际弹道导弹，从而尽量减少其热核战斗部对己方的影响，但是清楚的是，需要一种终端防御导弹来摧毁那些躲过第一道拦截线的再入载具。20世纪60年代初，美国方面在经过研究后得出结论，一种非常高速的拦截导弹是可行的，于是在1963年3月，马丁·马丽埃塔公司收到了短跑导弹的发展合同。1964年初，短跑”(Sprint)导弹的组件测试开始。