冬瓜菌核病主要为害果实和茎蔓。果实染病多在残花部，先呈水浸状腐烂，后长出白色菌丝，菌丝纠结成黑色菌核。冬瓜菌核病-果实上的菌核塑料棚、温室或露地冬瓜、节瓜，苗期至成株期均可染病。主要为害果实和茎蔓。果实染病多在残花部，先呈水浸状腐烂，后长出白色菌丝，菌丝纠结成黑色菌核。茎蔓染病初在近地面的茎部产生褪色水浸状斑，后逐渐扩大呈褐色，高湿条件下，病茎软腐，长出白色棉毛状菌丝。病茎髓部遭破坏腐烂中空或纵裂干枯。叶柄、叶、幼果染病初呈水浸状并迅速软腐，后长出大量白色菌丝，菌丝密集形成黑色鼠粪状菌核。病部以上叶、蔓萎凋枯死。