微生物基因分型（microbial genotyping），工学-食品科学与工程-食品安全-食源性疾病-食品安全预警，以核苷酸序列差异为基础对微生物样本进行型别鉴定的技术方法。基因分型可以分为特异性基因序列分型和全基因组序列分型两类，是广泛应用于微生物检测、监测和预防控制各个环节中的关键性技术。微生物基因组变异主要包括单核苷酸突变、短小插入缺失突变、基因组大片段获得缺失、质粒组成变异、基因片段重排和拷贝数变异等。基因分型针对上述一类或几类变异进行分析，获得微生物样本的特征标识，并对样本进行区分。常见的传统基因分型方法包括凝胶脉冲电泳技术（Pulsed-field gel electrophoresis; PFGE，针对基因片段重排变异）、多位点可变数目串联重复序列分析（Multiple-locus variable-numbers tandem repeat analysis; MLVA，针对串联重复序列的拷贝数变异）和多位点序列分型（Multilocus sequence typing; MLST，主要针对单核苷酸突变）等。