药用资源表观组（medicinal resources epigenome），医学-现代医学-药学领域-生药学-分子生药学-药用资源功能基因组，采用高通量的方法研究药用资源基因组核糖核酸序列、组蛋白或核糖核酸上发生的共价修饰，以及非编码核糖核酸的种类和丰度，及其对药用资源生长发育和有效成分积累的影响的技术。常见的共价修饰类型有基因组胞嘧啶的甲基化，基因组胞嘧啶的羟甲基化组，基因组腺嘌呤的甲基化，蛋白侧链不同位置赖氨酸的单甲基化、双甲基化、三甲基化和乙酰化，核糖核酸腺嘌呤的甲基化，核糖核酸胞嘧啶的甲基化等。这些共价修饰会受到环境的影响，进而又会调控基因和蛋白的表达。发生于生殖细胞，如植物的花粉、种子，动物的精、卵细胞中的共价修饰的改变可以遗传给后代。药用资源表观组的研究依赖于基于抗体的免疫共沉淀或者基于生物素的捕获，然后结合新一代高通量测序和生物信息学分析鉴定修饰的类型、发生的位置和分布模式，进而阐述其功能影响。