微生物物质组学(chemomics),理学-生物学-微生物学-应用微生物学-农业微生物学,研究微生物物质组的化学物质组成及微生物之间关系的学科。又称微生物代谢组学。微生物物质组学是继基因组学和蛋白质组学之后发展起来的,是系统生物学的重要组成部分。代谢组学得到迅速发展并渗透到多个领域,比如疾病诊断、医药研发、营养食品科学、毒理学、环境学、植物学等。微生物物质组学主要是通过测定微生物体内和体外物质的组成,研究在受外界环境刺激情况下,微生物在物质组水平的响应。微生物物质组学采用红外光谱法、高效液相色谱、色谱-质谱联用、核磁共振等作为研究手段,应用于微生物系统进化与分类、代谢途径与代谢工程、功能物质挖掘、发酵工艺和微生物污染降解等多个研究领域。微生物物质组学研究面临的最大挑战在于进行某一微生物在某一特定生理时期内所有化学物质组成的完整识别,但在质谱分析的过程中发现,代谢产物的同质性不高,而且无法识别出样品中的未知物质。