代谢产物发酵（fermentation of metabolites），工学-食品科学与工程-食品科学-食品生物技术-食品酶学，以微生物代谢产物为目标产品的发酵。微生物代谢产物发酵、微生物菌体发酵、微生物酶发酵、微生物转化发酵和生物技术的生物细胞发酵构成现代发酵工业。其中代谢产物发酵数量最多、产量最大，也是最重要的部分。微生物菌体生长繁殖过程中产生大量代谢产物，如核苷酸、氨基酸、乳酸、柠檬酸、乙醇等初级代谢产物，以及抗生素、生物碱、毒素等次级代谢产物。因此，代谢产物发酵包括初级代谢产物发酵和次级代谢产物发酵。许多代谢产物具有重要的经济价值，从而形成了不同的发酵工业，如酒精发酵、氨基酸发酵、柠檬酸发酵、抗生素发酵等。代谢产物发酵使发酵食品成为食品工业重要的组成部分。例如，酒精发酵是食用酒精、白酒、黄酒、葡萄酒生产的基础；乳酸发酵可用于生产酸奶、发酵果蔬汁等；柠檬酸发酵、黄原胶发酵等为食品工业提供了安全的添加剂。此外，代谢产物发酵在制药工业也有重要应用，如抗生素是一类重要的微生物药物。微生物发酵工艺多样，主要包括菌种的选育、种子的扩大培养、发酵和下游处理等。首先根据目标产物选定发酵菌体。