根系三维重建（root 3D reconstruction），农学-农业资源与环境-植物营养学-[矿质元素吸收与利用]-植物根系-根系三维重建，对根系原始图像进行获取、分割，并根据根系基本结构特征，创建适合根系等线状物体三维图像的快速算法，提取骨架及骨架点对应，最终实现对根系三维重建的过程。根系形态构型是一个抽象的、间接性的综合性概念，不是由一个或个别可测量的参数所能确定，而是需要较多的直接和间接的试验数据，借助一定的模型研究才能得到比较理想的结果。通过植物根系三维重建，进一步利用计算机进行可视化模型表达，有助于研究根系的形态、结构与功能。1998年已通过摄像机（CCD）拍摄一系列由铁丝模拟的根系，并对其进行三维重建，证实了摄像机拍摄法可用于植物根系在太空中生长过程的观察。随后，基于摄像机拍摄方法获取图像技术被广泛应用于根系三维重建过程中。根系三维图像捕获是根系三维重建的基础和前提。获取根系三维图像的主要方法除摄像机拍摄法，还有核磁共振成像（MRI）、X射线断层扫描技术（CT）和地下雷达监测（GPR）等。