二维分子标记（2-dimensional molecular markingmethod; 2DM），医学-现代医学-药学领域-生药学-分子生药学-生药分子鉴定-生药系统鉴定，基于分子标记技术和功能基因分析方法，在分子水平同时研究中药材及基原植物的品种和品质的方法。基本原理二维分子标记法具体思路包括两方面：首先是中药的“真伪”鉴定方面，中药材脱氧核糖核酸（DNA）—分子标记技术（包括DNA条形码技术）—中药材及其基原植物的真伪鉴定；其次是中药的“优劣”鉴定方面，中药材DNA或者核糖核酸（RNA）—功能基因（包括功能基因编码区、非编码区）的序列变异及特征（核苷酸水平、氨基酸水平）、表达水平和酶活性差异等—有效成分“有无”“含量高低”的药材基因型的鉴定。中药材真伪、优劣的科学内涵与DNA的差异有关，主要体现在两个方面：种及以上水平的差异通常用于解决中药的真伪问题和多来源问题；种以下的水平，包括不同居群和株系间的差异，则常用于解决中药品质的优劣问题。