染色体代换（chromosome substitution），农学-草业科学-[饲草、加工与利用]-草种质资源学-染色体取代，利用不同来源的染色体置换某一物种的同源或部分同源染色体的方法。用以代换的染色体可能来自同一物种的不同品种，或来自可进行杂交的其他物种。被代换了染色体的类型通称为代换系；若用的是异种染色体代换而得到的类型则称为异代换系。异代换系在遗传育种中具有重要价值，可以进行亲缘属种的基因定位；研究亲缘属种各个染色体在受体种背景下的遗传作用；研究受体种及其亲缘种属之间的演化关系；作为向受体种转移外源优良基因片段的基本材料。异代换系的创制主要有以下几种方法：①自发代换。在自然杂交或人工远缘杂交中，如果双亲所含染色体组亲缘关系较近，在减数分裂过程中有可能发生部分同源染色体之间的错配对，从而产生染色体自发代换。自发代换一般只能发生在具有部分同源关系或者亲缘关系较近的染色体之间，因为它们具有相似的遗传功能，具有补偿性，因而可以正常生长；而不同部分同源群间的染色体代换即使发生，往往也会由于缺乏遗传补偿性而使这类个体不能存活。