谱系多样性（phylogenetic diversity; PD），理学-生态学-〔生物多样性与保护生态学〕-保护生态学-〔生物多样性测度与评估〕-〔生物多样性测度方法〕-谱系多样性，系统发育树上物种之间最短枝长（branch length）的和。1991年，英国进化生物学家R.H.范-赖特[注]等提出以分支分类（cladistics）表征物种之间的差异。而后，澳大利亚保护生物学家D.P.费思[注]提出了以系统发育树上物种之间最短枝长的和来表征谱系多样性，从而整合物种的进化历史信息，使人们从另一维度评估生物多样性成为可能。物种多样性的研究中，通常假定物种之间亲缘关系或生态相似都是一致的，但与传统的物种多样性指数不同，谱系多样性考虑到了物种之间进化或系统发育上的差异，比传统的物种多样性包含更多的信息。