哲学科学方法论是从哲学层次研究认识世界、改造世界，求得主观与客观相一致的普遍的方法的理论。方法论按其普遍性程度的不同，可分为哲学科学方法论、一般科学方法论和具体科学方法论。其中哲学科学方法论层次最高，对人类的认识活动和实践活动具有决定性的作用，它是具体科学方法论的总结和概括，对一般科学方法论和具体科学方法论具有指导作用。各种不同的哲学科学方法论总是以一定的世界观作为根据的，任何哲学都是世界观和方法论的统一。逻辑经验主义把一切关于哲学世界观的问题当作“形而上学”而加以拒斥，片面夸大方法论的形式方面，是不可取的。亚里士多德的《工具论》和《形而上学》是有关哲学科学方法论的重要著作。现代意义上的哲学方法论随着近代自然科学的兴起和发展而被提到显要的地位。F．培根推崇经验归纳法，笛卡儿提出理性演绎法。以后形成了以洛克和休谟为代表的经验主义方法，以斯宾诺莎和莱布尼茨为代表的唯理论方法。但在19世纪以前，由于整个自然科学还处于搜集材料的阶段，哲学方法论总的来说是形而上学的。康德首先打破了形而上学思维方式，黑格尔创立了唯心辩证的方法体系。