脊索动物门(Chordata)尾索动物亚门(Urochordata，如海鞘、樽海鞘)和头索动物亚门(Cephalochordata，如文昌鱼〔amphioxus〕)动物的统称。原索动物与脊索动物的另一个亚门(脊椎动物亚门〔Vertebrata〕)相似，有一中空的背神经索、鳃裂以及脊索（一条质硬的支持身体纵轴的棒状结构，脊柱的前身）。与脊椎动物的主要区别是没有脊柱骨。现生的原索动物与脊椎动物由同一祖先演化而来。关於脊椎动物如何演化，普遍接受的理论主要有两种。一种理论推测其祖先营固著生活，可以像羽鳃类(pterobranch)，但幼体不特化，适於在大洋中浮游而达到性成熟；由此演化出的类型丧失随後的固著阶段，脊椎动物即由这一自由游泳的动物演化而来。另一种相近的理论出现较晚，假设脊索动物由一小类化石种类Mitrata属演化而来。