信息系统设计也称为信息系统的物理设计，是在系统分析的基础上，将系统分析阶段反映用户需求的逻辑模型转换为可以具体实施的信息系统的物理模型，解决信息系统“怎么做”的问题。这一阶段要根据经济、技术和运行环境等方面的条件，详细地确定出新系统的结构，为信息系统的实施提供必要的技术方案。经过系统分析，得到了新系统的逻辑模型，解决了系统要“做什么”的问题。而系统设计则是从系统的逻辑功能要求出发，根据实际条件，进行各种具体的设计，确定系统的实施方案，解决系统”怎么做”的问题。因此，系统设计是开发企业信息系统的重要环节。