美国海军实行典型的军政，军令分开体制，其行政管理和作战指挥系统各自相对独立。美国海军部是最高行政领导机构，美国国防部，主要负责制定海军和海军陆战队的战略规划、经费预算、政策法令、军官晋升和后勤管理等事务，没有作战指挥隶属权。美国海军作战部是美国海军最高军事职能部门，隶属海军部，海军作战部不直接指挥部队作战，平时主要负责海军部队的行政管理、军事训练和制定装备发展计划，战时向各联合海军司令部提供海军作战部队。美国海军部队的作战指挥尤其所在的战区总部组织实施。海军作战部长是美国海军最高军事首长。直接对海军部长负责，海军作战部队实行行政编组和任务编组双重组织体制。