纤毛亚门 Ciliophora 原生动物的一个亚门，其特征是︰在生活环的某一时期中具有短发状运动小器官——纤毛。纤毛亚门的原生动物约有8，000个现存种，纤毛通常呈行列状，可汇合成波动膜、小膜或棘毛。绝大多数纤毛虫具有一层柔软的表膜和近体表的伸缩泡。有些有丝泡、毒囊或菌囊等小器官，其功能尚不甚了解。虽然大部分纤毛虫营自由生活和水生生活，但有些种类如致痢疾的肠袋虫属(Balantidium)则是寄生的。还有许多种类是在无脊椎动物的鳃或外皮上营外共栖生活。有性现象包括接合（个体之间核的交换）和自体受精（在一个体内核的重建），无性生殖通常是出芽或横向的二分裂。纤毛虫具有大核和小核。大核一至几十个，控制代谢和发育功能；小核一至几百个，为接合所必需，但对於生存并不是必需的。这种遗传物质的分离与复杂的细胞质分化有密切关系。