变形菌门(Proteobacteria)是细菌中最大的一门，包括很多病原菌，如大肠杆菌、沙门氏菌、霍乱弧菌、幽门螺杆菌等著名的种类。也有自由生活的种类，包括很多可以进行固氮的细菌。变形菌门主要是由核糖体RNA序列定义的，名称取自希腊神话中能够变形的神普罗透斯(这同时也是变形菌门中变形杆菌属的名字)，因为该门细菌的形状具有极为多样的形状。所有的变形菌门细菌为革兰氏阴性菌，其外膜主要由脂多糖组成。很多变形菌门种变形菌门类利用鞭毛运动，但有一些非运动性的种类，或者依靠滑行来运动。此外还有一类独特的黏细菌，可以聚集形成多细胞的子实体。变形菌门包含多种代谢种类。