谱系重建(genealogical reconstruction),理学-地质学/地质资源与地质工程-沉积地层与古生物学-古生态学-宏演化-谱系重建,通过对取样对象共享的同源性状比较分析,综合其他生理、行为、发育、生态等生物学差异与变化规律,来重现物种间(包括现生与灭绝种类)、基因间、群体间乃至个体间演化关系的科学探索。又称系统发育重建。研究方法谱系重建属于进化生物学、系统学、统计学、计算机科学等多学科交叉的领域,本质上是对取样物种的性状分布进行数学推论和演绎来推断系统树的研究,需要一些标准来从众多的可能树中选择一种最好的。研究方法可以归纳为两大类:①基于距离矩阵来重建生物系统发育关系的方法,如各种形式的聚类分析法(Cluster Analysis)、最小进化法(Minimum Evolution;ME)、非加权组平均法(Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean;UPGMA)、邻接法(Neighbor Joining;NJ)等。距离方法计算时间短,算法简单,多应用于需要处理较大数据规模的DNA条形码和启发式搜索时初始树的构建中。