种群分化（population subdivision），理学-生态学-种群生态学-〔种群遗传〕-种群分化，物种受地理隔离或其他遗传障碍的限制，造成了种群内非随机交配，即基因流主要发生在亚种群内部的个体之间而非亚种群之间，进而导致亚种群间基因型组成产生差异的现象。种群分化的原因众多，基因流限制、遗传漂变、奠基者效应、环境异质性导致的自然选择差异等都可能导致种群分化。包括种群遗传分化（population genetic differentiation）和种群形态分化（population morphological differentiation）。最极端的种群分化形式为物种形成（speciation）。种群形态分化是指在整个生活史过程中，物种的形态特征或性状（如叶、花、果和根等）在种群之间存在差异，这种差异可能由地理隔离、环境异质性或种群遗传分化等因素造成，可以划分为由环境主导的表型可塑性和由遗传因素主导的局域适应性。最常用的度量种群遗传分化的参数为或，而最常用的度量种群形态分化的参数为。