17世纪以后，蒙医学家将藏医、印度医学的理论与蒙古传统医药结合起来，编撰了大量的蒙医药著作，为蒙医药的发展奠定了理论基础。18世纪，蒙医学家伊希巴拉珠尔在《甘露汇集》中首次提出了“六种基本病症”理论（赫依、希拉、巴达干、血液、希拉乌素、粘虫）等蒙医独特的“六基症”理论，补充和发展了《四部医典》的内容。13世纪初，成吉思汗统一了辽阔的大漠南北各部落，建立了蒙古帝国，蒙古社会进入了新的历史发展阶段。随蒙古帝国的兴起和强大，同国内各兄弟民族，特别是同汉、藏族之间的往来更加密切，与印度、阿拉伯和欧洲等国家的通商及文化交流也随之开始，蒙古族经济、文化得到了全面发展，蒙医传统疗法及临证用药、理论、实践等诸方面得到了进一步的发展与提高。