黄萎轮枝孢的寄主植物很广泛，但侵染苜蓿的菌系寄主较少，且各地菌株的致病性不一致。北美分离菌株主要为害苜蓿，也侵染马铃薯、蚕豆、草莓、冠状岩黄芪和红花菜豆等。病植株的小叶顶部，初期出现“V”形褪绿斑，一些顶部小叶片变窄，向上纵卷。病害进一步发展，小叶失水变干、脱落，常留下变硬、褪绿的叶柄附着在绿色的茎上。变干的小叶常呈现粉红色，有些也保持灰绿色。新叶常从有症状叶片的叶腋长出。感染的茎不萎焉，直到所有叶片都枯死，茎秆仍保持绿色。由于病原菌在根颈中侧向扩展受到限制，因此在同一病株中，可以有不表现症状的枝条。随病原菌在根颈中扩展，抽出的新校条也发病，最终全株枯萎死掉。病茎和病根的木质部呈浅褐色或深褐色。但这一症状在鉴定中并不是很可靠的判断标准。在潮湿条件下，病原菌在死亡的茎基部大量产生分生孢子梗和孢子，使茎表覆盖浅灰色霉层。在活组织上不产生孢子梗和孢子。