生物骨架孔隙主要由造礁的群体生物，如珊瑚、海绵、层孔虫、苔藓虫、牡蛎、红藻等生物原地生长堆积构筑而成的礁体格架中间的孔隙，此类型孔隙的大小取决于造礁群体的骨架发育规模，如珊瑚礁灰岩中的骨架孔隙一般都很大，而红藻礁灰岩中的骨架孔隙一般都很小。碳酸盐岩中的孔隙空间可划分为原生孔隙和次生孔隙两种主要成因类型，其中原生孔隙的形成与碳酸盐岩的矿物成分、结构和形成条件密切相关，而次生孔隙受成岩作用的控制和改造更为强烈。因此，碳酸盐岩孔隙结构组分的特征也可采用碎屑岩孔隙结构组分的术语加以描述，但其孔隙类型和形成演化更为复杂。