基因互补是指只有当基因型为A_B_时才表现出AB的性状，基因型中含有A_bb、aaB_、aabb都会导致ab表现型。产生原因是同源染色体上两个不同突变位点形成反式构象即在两条染色体上分别发生一次突变（即A_bb和aaB_，其中aa/bb指突变后失效的A/B），且突变的位置不同时，生物体产生正常或近似正常表型的现象。这一现象的产生可能是由于两个突变基因的无活性产物在胞质中，重建形成功能蛋白的结果。当基因产物是一种多聚体时，一些个体基因产物或一些单位单独不起作用，但联合起来可产生具有功能的和性质上接近正常的聚合物或多体时，就可以产生这种互补作用。该互补作用发生于大多数微生物和某些高等生物中。如酒精脱氢酶就存在这一现象。