连锁分析是利用连锁的原理研究致病基因与参考位点（遗传标 记）的关系的一种研究方法。根据基因在染色体上呈直线排列，不同基因相互连锁成连锁群的原理，即应用被定位的基因与同一染色体上另一基因或遗传记相连锁的特点进行定位。利用某个拟定位的基因是否与某个遗传存在连锁关系，以及连锁的紧密程度就能将该基因定位到染色体的一定部位。只要提供足够的家系，按孟德尔方式遗传的疾病都可将其基因定位。因此这种基于家系研究 的方法是单基因遗传病定位克隆方法的核心。（李英碧）它是利用遗传标记在家系中进行分型(Genotyping)，再利用数学手段计算遗传标记在家系中是否与疾病产生共分离。连锁分析是利用连锁的原理研究致病基因与参考位点(遗传标记)的关系。