湖泊酸化(lake acidification)即为含有硫酸和硝酸的雨、雪污染了湖泊水体，长年累月使湖水酸度增高的现象。酸雨在世界上许多地区，尤其在工业发达国家中的不断出现，往往使该地湖泊发生酸化，湖中水生生物和有机物逐渐减少，鱼类死亡。在酸性基岩和酸性土壤地区，因环境对酸度的缓冲能力弱，更易加速湖泊酸化。主要防治办法为：控制和治理高烟囱排放源散发到高空大气中的大量二氧化硫和氮氧化物。酸雨造成湖泊酸化。工业生产和生活中各种能源使用产生的SO2、氮氧化物被氧化后产生的酸性物质，通过大气干湿沉降进入水体。水质酸化会抑制微生物的活动，影响水生生态系统中有机物的分解。由于碎屑大量沉积，影响水生生物的营养与能量循环，从而使湖泊动物群落受影响，致使耐酸的种类增加，而不耐酸的种类则减少。酸性湖泊或河水会降低水质中的含钙量，损坏鱼脊椎和骨骼，导致鱼类畸形。