理藩院（满语：tulergi golo-bi dasara jurgan，意为“对外部地区治理的部门”）是清朝政府统治蒙古、回部及西藏等少数民族的最高权力机构。洋务运动前也负责处理对俄罗斯的外交事务。理藩院初掌蒙古事，随着清廷全国政权的建立，更为总管蒙古、西藏、新疆等各少数民族地区事务的中央机构。清统治者通过理藩院实施对各少数民族地区的统治，加强与他们的联系。康熙年间，修定《理藩院则例》，用法规固定了对少数民族地区统治的各项措施。以后又四次校修。理藩院六司分掌爵禄、朝贡、定界、官制、兵刑、户口、耕牧、赋税 、驿站、贸易、宗教等政令。理藩院所辖，先后设有内馆、外馆、蒙古学、唐古特学、托忒（卫拉特）学、俄罗斯学，木兰围场、喇嘛印务处，则例馆等机构。此外还派司员，笔帖式等常驻少数民族地方，处理特定事务，定期轮换。光绪三十二年（1906年），理藩院更名为理藩部，辛亥革命后北洋政府改为蒙藏院。