HU蛋白是一个异聚体，由HupA和HupB组成。两个亚基都与彼此相关，并与IHF亚基也相关，所有三个二聚体(α2，αβ，β2)结合到双链DNA和单链DNA以及RNA。双链DNA结合位点对特异HU-DNA复合物延伸至36bp，DNA共晶物和模型试验暗示如IHF，HU蛋白戏剧性地结合DNA。体内交叉连接试验表明HU主要形式是αβ，但是α2β2同源二聚体可以在指数早期被检测到。在指数期，估计大约30000分子HU每细胞，在所有已知的小得核酸辅助蛋白中，HU明显地对质粒超螺旋起最大作用。HU在体外限制超螺旋，如核小体，当与超螺旋的或开放环状质粒DNA及一种酶如小牛胸腺TopoI共孵育时，它可以产生高度超螺旋的环状质粒DNA，其中酶可移除正负超螺旋(如下)。在蛋白和DNA的最佳超螺旋比率，2.5HU二聚体限制一个超螺旋。假定这一数据反映了活细胞内的情况，HU将对应12000超螺旋或者大约△LK的16%和40%限制性拓扑。HU也提高了短于连续长度的DNA片段的环状连接。