孢囊(cyst)是Azotobacter vinelandii(棕色固氮菌)等一些固氮菌在外界缺乏营养的条件下，由整个营养细胞外壁加厚，细胞失水而形成的一种抗干旱但不抗热的圆形休眠体。简介孢囊形成于动细胞之内，当甲分解为碎片时，孢囊从甲中释放出来。它是有性生殖的产物。亦称囊包、包囊体。但常误称为孢子。原生动物或低等后生动物分泌的坚固厚膜包于体表，使本身暂时处于休眠状态，称为囊包。壁的成分由纤维素构成的沟鞭藻的动细胞外壁--甲，不能保存为化石，只有那些休眠的孢囊才是古生物学家研究的主要部分。在化石记录中，孢囊最常见的为有机质壁，其次为钙质，少数为硅质的壁。在中生代及新生代地层中有机质壁的孢囊含量丰富;钙质孢囊一般常见于侏罗纪及白垩纪地层中，在第三系中数量较少;硅质孢囊出现于白垩纪中期至更新的地层中，尤其大量发现于古新世地层中(Stover et al.,1996)。外部形态外形在鉴定孢囊是十分重要的，最常见的孢囊形态为亚球形至椭球形。孢囊和动甲相对应，中部也被一个以纹饰或其它构造所指示的横沟划分为上孢和下孢两部分，纵沟则在腹