水产基因组图谱（aquatic organism genomics map），农学-渔业-水产养殖-水产遗传育种学-[水产育种生物技术]-水产分子育种-水产基因组图谱，以水产养殖生物为研究对象，利用现代生命科学技术绘制的一种全基因组结构图谱。是对水产生物生命过程本源的描述，有利于对水产生物经济性状的深入理解。广义的水产基因组图谱包括遗传连锁图谱、基因组物理图谱、转录图谱以及全基因组序列图谱等。狭义的水产基因组图谱主要指水产生物的全基因组序列图谱，即通过测序技术实现的所有碱基之间的物理排序的图谱。衡量一个物种全基因组序列图谱的标准主要包括contig N50、scaffold N50等组装参数。根据组装水平，全基因组序列图谱又可以分为框架图、精细图和完成图。截至2022年，绝大多数水产生物的基因组图谱都处于框架图和精细图阶段。国际上首个完成的水产生物基因组图谱是红鳍东方鲀的全基因组图谱，这也是继人类基因组完成之后的第一个脊椎动物基因组图谱。中国先后完成了牡蛎、半滑舌鳎、鲤鱼、大黄鱼、牙鲆等50余种水产生物的基因组图谱。