藤原麻吕是不比等与妹妹五百重娘所生的儿子，约出生于持统天皇九年（695）。灵龟三年（717）元正天皇行幸美浓国时，麻吕任美浓介。改元养老后，麻吕以国司的功绩叙从五位下。养老五年（721），麻吕连升五级至从四位上。同年六月二十六日，任左京大夫。神龟三年（726），麻吕升至正四位上。神龟六年三月四日，晋升至从三位。天平三年（731），麻吕与异母兄长宇合一同迁为参议，任兵部卿。同年十一月二十二日，任山阴道镇抚使。天平九年元月二十一日，麻吕以持节大使的身份被派往陆奥。同年七月十三日，麻吕在陆奥死于流行的天花，时年42岁，任参议兵部卿从三位。麻吕才能出众，好诗书琴酒，以“圣代之狂生”自诩，《万叶集》中收录了他的三首作品。