最短距离法（shortest distance method），理学-统计学-描述统计-数据变换，将类与类之间的距离定义为两类中相距最近的样本之间的距离的一种系统聚类分析方法。最短距离法将类与类之间的距离定义为两类中相距最近的样本之间的距离，相较于系统聚类，是一种十分简便的聚类方法。最短距离法进行聚类分析的步骤如下：①开始时每个样本自成一类，按照最短距离法定义样本之间的距离，计算样本的两两距离，得到距离矩阵。②找出距离矩阵元素的最小值，最小值对应的两个样本合并成一个新类。③按上述递推公式计算新类与其他类的距离。④重复②、③步骤，直到所有元素并成一类为止。如果某一步距离最小元素不止一个，则对应这些最小元素的类别可以同时合并。与最长距离法对类之间距离的定义相反，但原理相同，计算速度快。利用最短距离法进行聚类时，不考虑样本之间的相异性，只要是类与类之间的距离短就并为一类，逐次聚类时类与类之间的距离可能会越来越短，因此会出现距离收缩的情况，这是该方法的不足之处。