《南京医科大学学报》由南京医科大学学报（自然科学版）和南京医科大学学报（社会科学版）组成，是中国综合医药卫生类核心期刊，2001年进入国家期刊方阵，为国家科技部确定的中国科技论文统计源期刊，是经国家药监局批准的可发布综合类处方药广告的期刊之一。南京医科大学学报（自然科学版）是中国综合医药卫生类核心期刊，2001年进入国家期刊方阵，为国家科技部确定的中国科技论文统计源期刊，是经国家药监局批准的可发布综合类处方药广告的期刊之一。该刊创办于1956年，前身是《苏医学报》、《南京医学院学报》，1996年随校名更改为《南京医科大学学报》。