生物碱生物合成途径（alkaloid biosynthetic pathway），医学-现代医学-药学领域-生药学-分子生药学-生药活性成分生物合成-生药活性成分生物合成途径-复合途径，在氨基酸、萜类、甾体等前体的基础上通过酶的催化进行C-C键、C-N键、C-O键的形成和裂解反应等，从而生成生物碱的过程。包括环合、裂解、重排、取代基的形成、增减、消除和转化等过程。生物碱是含氮次生代谢物的大家族，不同类型的生物碱生物合成途径相对独立。生物碱的生物合成途径按照提供氮原子和生物碱基本骨架的氨基酸进行分类，其中吡咯类生物碱和托品烷类生物碱来源于鸟氨酸；哌啶类生物碱、喹诺里西啶类生物碱和吲哚里西啶生物碱来源于赖氨酸；吡啶类生物碱来源于烟酸；苯乙胺类生物碱、简单四氢异喹啉类生物碱，以及对酚氧化偶联起重要作用的其他一些生物碱均来源于酪氨酸；简单吲哚生物碱、简单β-卡柏琳类生物碱、萜类吲哚生物碱、喹啉类生物碱、吡咯吲哚类生物碱和麦角生物碱来源于色氨酸；喹唑啉、喹啉和丫啶类生物碱来源于邻氨基苯甲酸；咪唑类生物碱则来源于组氨酸。一些生物碱还包括一些来源于乙酸、莽草酸或磷酸脱氧木糖途径的构造单元。