单孢子亚纲(Haplosporea)原生动物，无脊椎动物及低等脊椎动物的内寄生虫。代表属是寄生鱼体的鱼孢子虫属(Ichthyosporidium)、寄生蟑螂中的腔肠孢子虫属(Coelosporidium)及寄生在环节动物和其他无脊椎动物中的典型属单孢子虫属(Haplosporidium)。单孢子虫呈阿米巴状，具1或多个核。单核类型者(如单孢子虫属)核会反覆分裂，从而发育成一个多体原生质体。後胞质分裂形成单核体，再发育成孢子，传递至新宿主。孢子无极丝，包以一层坚韧的膜，膜可延续成一尾状突起。有些孢子在一端有盖。单孢子虫由单细胞的原生动物单孢子虫感染无脊椎动物导致的疾病。单孢子虫门包括很多体内寄生虫，其中主要是来自于海产无脊椎动物，而有些寄生虫是在淡水的无脊椎动物中发现的。在这一门中已经有已经确定的种类还有一些寄生虫是在其它无脊椎动物中发现的，已经报道了但是还没有确定，其中有几个种类与重要经济贝类的死亡有关系。单孢子虫主要感染贝类的结缔组织、鳃和消化腺上皮细胞，严重时影响贝类的能量代谢，摄食和生殖能力。目单孢子虫主要是牡蛎的一大病原，已经报道了牡蛎的几种单孢子虫病害停止。