小脑皮质位于小脑外层的组织称小脑皮质。小脑皮质又分为3层:最浅的为分子层,主要有篮状细胞,它的轴突分出许多侧支,形成篮状,包绕中层浦氏细胞的胞体;中间层为浦金野细胞层,是一系列的浦氏细胞体,树突呈柏树叶状伸入分子层内,轴突进入髓质,止于小脑的神经核;深层为颗粒层,有大量的颗粒细胞,树突短促,末端分支呈爪状,轴突向上进入分子层,与浦氏细胞的树突组成突触。绳状体、脑桥臂及前庭小脑纤维等进入小脑皮质,终止于浦氏细胞。浦氏细胞的轴突再传入中央核,中央核再发出纤维出小脑。小脑皮质的全部面积约有1000平方厘米,显露在表面的仅有1/6。各部小脑皮质的结构大致相同,在垂直叶片长轴的切面上,可见皮质包于表面;白质位于叶片的中央,由平行的神经纤维构成,伸向小脑髓体。小脑皮质可分为明显的三层,从表面的浅层—分子层、中层—浦肯野细胞层,到最深层一颗粒层。